5月3日，卫生部部长陈竺、党组书记高强主持召开会议，专题研究当前手足口病防控工作。会议分析了当前疫情形势，研究和部署了下一步防控工作。会议要求卫生部各司局和有关直属单位要高度重视当前手足口病防治工作，充分发扬抗击“非典”的精神，打好这场疫情防控工作的攻坚战。
　　一是卫生部成立手足口病防控工作领导小组，进一步加强全国手足口病防控工作。陈竺同志任组长，高强、马晓伟、刘谦同志任副组长。领导小组下设4个工作小组，分别为综合协调组、疫情防控组、医疗救治组和新闻宣传组。各小组已经启动相关工作。
　　二是卫生部加强对各地疫情防控工作的指导和协调。下发关于加强春夏季传染病防控工作的通知，要求各地卫生部门充分认识当前手足口病等春夏季传染病疫情形势的严峻性和防控工作的急迫性，在当地政府的统一领导下，以对人民群众健康高度负责的态度，坚持预防为主、防治结合、以农村为重点，针对重点地区、重点人群和重点疾病，采取有力措施，加强传染病监测，做好各项防控措施的组织和落实。
　　三是进一步加强对患病儿童特别是重症患儿的救治工作。组织专家对阜阳市的重症患儿进行会诊，不断优化治疗方案，把重症患儿的死亡率降下来。派出一部分专家支援阜阳市各县级医院，提高县医院的鉴别诊断和医疗救治能力，在县医院设立观察隔离病房，力争对患病儿童早发现、早诊断、早治疗，实现关口前移。
　　四是进一步加强各项预防控制措施的部署和落实。当前工作的重点，要积极开展以家庭为核心的卫生整治工作，教育广大群众特别是农村地区群众养成良好的生活习惯，控制疾病传播；要做好医院内的消毒工作，防止由于患儿和家长大量聚集医院造成院内感染的发生。
　　五是切实加强信息报告制度。要求严格执行疫情报告制度，统一报送渠道，抓紧对实行网络直报后的疫情数据进行统计和整理，及时对疫情信息进行分析和判断，为传染病防治决策提供科学依据。
　　六是切实做好新闻宣传工作。要以对人民群众高度负责的态度，及时做好疫情信息的发布，提高疫情防控工作的透明度，要将安徽阜阳市的疫情情况如实向社会通报，并积极配合有关媒体做好采访播出工作，做好社会宣传，使群众认识到手足口病是一种可防可治的疾病，而且通过治疗一些重症患儿已经好转，从而坚定群众防治疾病的信心，避免不必要的社会恐慌。