天然染料雖然具有廣闊的應有前景，但若讓其替代合成染料而成為主要的應用染料，目前是不現實的，因為其在應用中存在許多問題。
    １.染料的供應問題
    常用的染料絕大多數是植物染料，即使是同一种植物，由于產地不同，气候條件不同及采集時間不同都會影響色素的組成和色澤，而這必然會導致染料的染色重复性差。況且從种植、收集、提取到應用都需要很長的時間，收率又低。有資料統計平均收集率約為２　％，即９８　％ 的收集物為廢料，因而帶來天然染料純度低、提取困難、性能不穩定、成本高、難支持現代化紡織工業生產使用等諸多問題。另外，許多天然染料都是中草藥資源，具有很高的藥用价值和經濟
价值，如果將它們大量用于染料的提取，也是不經濟的。
    ２.染色中染料的色牢度問題
    染色紡織品的生態標准和染料的染色牢度有緊密關系。盡管在天然染料染色中，使用媒染和某些后處理可提高染色牢度，但因為天然染料發色基團的固有的不穩定性，導致天然染料耐洗和耐光牢度不理想。另外，傳統的媒染劑大多含有重金屬离子，其中許多被列入生態紡織品所禁用的名單。有時染色中使用的媒染劑還會影響染料的褪色情況。例如﹕用洋蔥染黃色時，使用明礬和錫媒染劑比使用鉻、鐵、銅媒染劑褪色更嚴重。
    ３.天然色素的穩定性問題
    天然色素較人工合成色素的穩定性差，主要是天然色素受外界因素影響大。ｐＨ 值使天然色素的結构或組成發生變化，從而使其顏色產生變化﹔光線（特別是紫外光線）會誘使帶有生物活性的有机生物令天然色素分解或氧化而脫色﹔天然色素在低溫或干燥狀態時，性質一般較穩定，但加熱或高溫可加快變色反應，尤其在加熱至沸點時易氧化褪色。